重測序是對已知基因組序列的物種進行不同個體的基因組測序,并進一步對個體或群體進行差異性分析。
Nanopore測序借助單個分子通過納米孔時引起孔兩側電位差來實現信號檢測,納米孔的直徑僅允許單個核苷酸聚合物通過,而ATCG四種堿基的帶電性質不同,因此通過電信號差異特征即可檢測出通過納米孔的堿基類型,從而實現測序。
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實驗流程按照 Oxford Nanopore Technologies(ONT) 公司提供的標準 protocol 執行,包括樣品質量檢測、文庫構建、文庫質量檢測和文庫測序等流程。
片篩即片段篩選,如果片篩文庫則會選擇長的DNA片段,因此需要的DNA量要多;非片篩文庫即不進行片段篩選的打斷文庫,即將DNA打斷成固定長度。
片篩文庫得到的序列相對更長,適用于基因組組裝。而非片篩文庫得到的read相對較短,適用于重測序或甲基化檢測。
原則上講數據量的越多,檢測到的結構變異越多越準。由于經費限制推薦至少測15X的數據量,如果是腫瘤等特殊組織建議測15X以上的數據量。具體原因可參考下述鏈接: