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醫學ATAC-seq

產品介紹

ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing),基于高通量測序的染色質轉座酶可接近性實驗。在核小體連接致密的地方,轉座酶不能進入,而松散的區域,轉座酶能夠進入并切割下暴露的DNA區域,并同時連接上特異性的接頭,有接頭的DNA片段被分離出來,用于高通量測序。因此,ATAC-seq可以得是全基因度尺度上處于開放狀態的染色質區域,并且通過分析染色質開放區域的motif,可以獲得潛在的活躍轉錄因子及其靶基因。

服務流程

  • 樣品寄送

  • 建庫測序

  • 數據分析

  • 出具報告

  • 售后答疑

實驗流程

ATAC-seq主要實驗流程首先是制備細胞懸液,然后裂解液裂解細胞獲得細胞核,進一步使用Tn5轉座酶酶切并純化,最后回收DNA片段,對回收片段進行末端修復、3’端加A、連接測序接頭,片段大小選擇以及PCA擴增等步驟獲得標準的高通量測序文庫,使用Illumina測序平臺進行測序。

信息流程

原始測序Reads經過去接頭和過濾低質量,獲得Clean Reads。將Clean Reads與參考基因組序列進行比對,通過Reads在基因組上的比對位置信息,進行Peak calling,并進行motif預測、轉錄因子靶基因挖掘、差異Peak和Motif等分析。

2
開放染色質區域可視化圖
3
轉錄起始位點附近的開放染色質區域
4
差異開放染色質區域聚類熱圖
5
開放染色質motif
6
差異開放染色質區域功能基因富集分析

?常見問題

ATAC-seq需要生物學重復嗎?

需要的,推薦3-5個重復,目的是為了老師實驗結果的準確性和可重復性。

到底motif是什么?

簡單地講, Motif 就是一段特定模式的DNA序列。可以理解為開放的染色質區域有著序列偏好性,而偏向的序列就是motif。

ATAC-seq和Chip-seq的區別?

Chip-seq是研究特定轉錄因子或者蛋白結合的區域,需要用抗體去免疫共沉淀相應的區域。而ATAC-seq無需抗體,可將所有轉錄因子或者蛋白可能結合的區域用Tn5轉座酶切割下來進行測序。

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